Wesentliche Änderungen:

• Durchbindung der REX von Braunau bis Freilassing (bisher bis Salzburg-Taxham)
• Auflassung der Haltestelle Dampfsäge Munderfing
• Die Halte Teichstätt und Achenlohe werden nur mehr im Frühverkehr sowie vom letzten Zug Richtung Braunau bedient, Busbedienung als Ersatz
• Zwischen Neumarkt-Köstendorf und Salzburg Hbf verkehren die Braunauer REX künftig ohne Halt (ausgenommen Frühverkehr Halt in Seekirchen)
• Anstelle der Triebwagen der Baureihe 5047 sollen angemietete deutsche Triebwägen der Reihe 628 zum Einsatz gelangen (die 5047 verfügen noch nicht über das moderne Zugsicherungssystem PZB 90 und dürfen daher nicht bis Freilassing verkehren)
• Kurze Umsteigezeiten vom/zum RJ Richtung Linz, Wien in Neumarkt

• Die kurzen Umsteigezeiten zum RJ Richtung Linz, Wien in Neumarkt von Braunau kommend sind erst ab 8:30 möglich
• Die reguläre Umsteigezeit vom REX von Braunau zum RJ nach Vöcklabruck, Linz, Wien in Neumarkt-Köstendorf beträgt 5 min. Ebenso die Umsteigezeit vom RJ von Linz zum REX nach Braunau. Bei Verspätungen ist ein Abwarten von Anschlüssen nicht möglich, da Neumarkt-Köstendorf nur über 2 Gleise verfügt und sehr dichte Zugfolgen gefahren werden. (So folgt dem REX nach Braunau mit nur 6 min Abstand die WESTbahn  Richtung Wien, dem "langsamen" RJ Richtung Salzburg folgt mit lediglich 4 min Abstand der schnelle RJ). 
• Die "langsamen" RJ weisen ab 10.12.2017 deutlich geringere Fahrzeitreserven zwischen Salzburg und Wien auf als bisher. Verspätungen, wie sie grade westlich von Linz im Berufsverkehr nicht unüblich sind, können dadurch kaum mehr aufgeholt werden. (Grund für die Reduktion der Fahrzeitreserven ist übrigens die Überholung des RJ durch die WESTbahn in St. Valentin). 
• Die ab 10.12.2017 eingesetzten VT 628 gelten zwar als zuverlässig, sind aber - im Verhältnis zum Gesamtgewicht - weitaus schwächer motorisiert als ein 5047-Doppel, wie sie bis jetzt eingesetzt wurden. Aufholen von Verspätungen ist mit dem eher zäh beschleunigenden 628 kaum möglich (aus Fachkreisen war sogar schon zu hören, dass selbst die regulären, eher knapp bemessenen Fahrzeiten mit dem Triebwagen nur schwer einhaltbar sind).
• Durch die knappen Zugfolgen auf der Westbahn kommt es vermutlich bei Verspätungen des Fernverkehrs rasch auch zu Verzögerungen bei den REX Richtung Braunau. Die kurzen Wendezeiten in Braunau und Freilassing sowie die Kreuzungsaufenthalte auf der eingleisigen Mattigtalbahn, verbunden mit sehr geringen Fahrzeitreserven werden zur Verschleppung von Verspätungen beitragen.  
• Aus oben genannten Gründen ist zu befürchten, dass neue Knoten Neumarkt-Köstendorf nur eingeschränkt funktionieren wird und Fahrgäste vielfach ihrem Zug nur mehr hinterherwinken werden.